Первоначально Нестеренко вменяли злоупотребление должностными полномочиями, однако к моменту передачи дела в суд обвинение переквалифицировали на три эпизода превышения должностных полномочий с причинением тяжких последствий из корыстной или иной личной заинтересованности (ч. 3 ст. 286 УК РФ, пункты «в» и «е»).

Речь идет о нарушениях при капитальном ремонте школы № 3 в городе Геническе Херсонской области стоимостью около 300 миллионов рублей. По версии следствия, чтобы создать видимость успешного завершения проекта, Нестеренко не предъявил претензии подрядчику за некачественные или невыполненные работы. Нанесенный ущерб оценивается примерно в 27 миллионов рублей.

После задержания в мае 2025 года Нестеренко находился в СИЗО, но позднее был переведен под домашний арест, так как признал вину и начал сотрудничать со следствием.

Александр Нестеренко был утвержден Вениамином Кондратьевым на должность вице-губернатора Краснодарского края в июле 2024 года. Перед задержанием своего зама, курировавшего строительную сферу Кубани, губернатор предложил ему уйти с должности в связи с невыполнением сроков строительства социальных объектов. Было выявлено, что строительство более половины из 149 объектов ведется со значительным отставанием от графиков.